Công ty Cổ phần Đầu tư và Phát triển Vân Phong được thành lập ngày 25 tháng 06 năm 2004, với các cổ đông sáng lập: UBND tỉnh Khánh Hòa, Vinaline, Petrolimex, Cục Hàng Hải Việt Nam. Vốn điều lệ ban đầu là 100 tỷ đồng.

Với mục tiêu và nhiệm vụ chính của các cổ đông giao cho Van Phong Corp khi thành lập là đầu tư và xúc tiến thu hút đầu tư vào khu kinh tế Vân Phong, về các lĩnh vực chính trong hoạt động của Công ty được cấp phép là:

- Quản lý, đầu tư xây dựng các khu kinh tế, khu công nghiệp, khu chế xuất, khu thương mại tự do, khu kinh tế đa ngành.
- Kinh doanh bất động sản.
- Đầu tư xây dựng và Kinh doanh khai thác cảng.
- Kinh doanh dịch vụ hàng hải gồm: Vận tải biển, dịch vụ đại lý tàu biển, cung ứng tàu biển, môi giới hàng hải, kiểm đếm hàng hóa, lai dắt tàu biển, sửa chữa tàu biển tại cảng, vệ sinh tàu biển, bốc dỡ hàng hóa tại biển, dịch vụ kho bãi.
- Kinh doanh vận tải hàng hóa đường thủy, đường bộ, vận tải đa phương thức.
- Khai thác và chế biến khoáng sản (đá, cát, sỏi, nước ngầm...).

Cơ cấu tổ chức hiện nay của Công ty:

Đại hội đồng cổ đông: theo danh sách đến ngày 15 tháng 06 năm 2011, ĐHĐCĐ Van Phong Corp gồm 26 cổ đông, với 16 cổ đông là tổ chức và 10 cổ đông thể nhân (không tính lượng cổ phiếu quỹ).

- Ông Phạm Văn Chi - Chủ tịch
- Ông Phan Ngọc Diệp - Phó Chủ tịch
- Ông Vi Việt Dũng - Ủy viên
- Ông Đặng Lưu Dũng - Ủy viên

- Ông Vũ Văn Hải - Tổng giám đốc điều hành, đại diện theo pháp luật của Doanh nghiệp
- Ông Trần Văn Đông - Phó Tổng giám đốc
- Ông Đặng Bá Điển - Phó Tổng giám đốc

- Ông Vũ Hồng Sự - Trưởng ban
- Ông Lê Xuân Sinh - Thành viên
- Ông Nhâm Hà Hải - Thành viên

- Phòng Tài chính Kế toán: Ông Nguyễn Quang Trực - Kế toán Trưởng, kiêm Trưởng phòng.
- Phòng Tổ chức Hành chính: Ông Đỗ Thanh Khiết - Trưởng phòng
- Phòng Kinh tế Kế hoạch: Ông Hỗ Sĩ Thành - Trưởng phòng
- Phòng Kỹ thuật Công trình: Ông Lê Văn Dân - Trưởng phòng
- Ban Tư vấn quản lý dự án: Ông Đặng Bá Điển - kiêm nhiệm Trưởng ban
- Công ty SXVL & XDCT Vân Phong: Ông Lê Văn Thọ - Quyền giám đốc Công ty.