Với vị trí đặt Ga C9 là nơi rất quan trọng của Thủ đô nên việc lập quy hoạch được tiến hành thận trọng với sự tham vấn, hỗ trợ của nhiều đơn vị trong và ngoài nước. Ban Quản lý Dự án đường sắt đô thị sẽ trưng bày giới thiệu, lấy ý kiến các nhà khoa học, người dân về phương án thiết kế quy hoạch tổng mặt bằng Ga C9 thuộc tuyến đường sắt đô thị số 2, đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo trong khoảng thời gian từ 3 tuần đến 1 tháng.

Dự án đầu tư xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 2, đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo là dự án trọng điểm quốc gia của Hà Nội, sử dụng vốn ODA của Nhật Bản. Báo cáo nghiên cứu khả thi của dự án được UBND TP Hà Nội phê duyệt năm 2008 với chiều dài toàn tuyến khoảng 11,5km; đoạn trên cao dài khoảng 2,6km; đoạn ngầm dài khoảng 8,9km; khu depot rộng 17,5ha tại phường Xuân Đỉnh (quận Bắc Từ Liêm). Điểm đầu tuyến tại Khu đô thị Nam Thăng Long, điểm cuối tại nút giao phố Huế - Nguyễn Du.

Trên toàn tuyến có 10 nhà ga, gồm 3 ga trên cao và 7 ga ngầm. Trong đó, Ga ngầm C9 được đề xuất đặt tại Km9+864,645, thuộc khu vực khuôn viên bờ hồ Hoàn Kiếm. Thân ga chính được bố trí ngầm dưới phố Đinh Tiên Hoàng, phần dưới Vườn hoa bờ hồ Hoàn Kiếm có kích thước dài 150m, rộng 21,4m, sâu 17,45m và có 3 tầng. Khoảng cách ngắn nhất từ thân Ga C9 tới Hồ Gươm khoảng 10m; tới tượng đài tưởng niệm Cảm tử quân khoảng 81m; tới đền Bà Kiệu khoảng 83m; tới Tháp Bút khoảng 36m; tới Vườn hoa tượng đài Lý Thái Tổ khoảng 120m.

Theo ông Lê Trung Hiếu, Phó Giám đốc Ban Quản lý Dự án đường sắt đô thị, Ga C9 là điểm trung chuyển quan trọng, kết nối cả 3 tuyến đường sắt đô thị số 1, 2 và 3. Cụ thể, Ga C8 của tuyến đường sắt đô thị số 2, tại phố Hàng Đậu sẽ tiếp nhận và trung chuyển hành khách với tuyến đường sắt đô thị số 1 Ngọc Hồi - Như Quỳnh. Ga C10 tại khu vực phố Hàng Bài sẽ kết nối với tuyến đường sắt đô thị số 3 Nhổn - Hoàng Mai. Vì vậy, Ga C9 buộc phải khống chế vị trí trên đường Đinh Tiên Hoàng để bảo đảm khoảng cách giữa Ga C9 đến 2 ga còn lại không quá 1km, thuận tiện cho người dân di chuyển, tiếp cận cả 3 tuyến đường sắt đô thị. Hiện nay, quy hoạch ga ngầm C9 vẫn chưa được phê duyệt; nếu được thông qua vị trí và quy hoạch, chủ đầu tư sẽ tổ chức thi tuyển để tìm phương án thiết kế chi tiết cuối cùng.

Có ý kiến cho rằng, việc đặt ga ngầm C9 ở khu vực hồ Gươm sẽ gây ra hệ lụy, bởi đây là vị trí nhạy cảm, là nơi có những công trình văn hóa lịch sử nổi tiếng như Tháp Bút, đền bà Kiệu, tượng đài Cảm tử quân; "Nhà đèn" bờ hồ Hoàn Kiếm... Vì thế, việc lập quy hoạch được tiến hành thận trọng với sự tham vấn, hỗ trợ của nhiều đơn vị trong và ngoài nước. Dù mới chỉ là quy hoạch tổng mặt bằng và sơ bộ thiết kế, đã có 10 phương án được đưa ra so sánh, lựa chọn. Chủ đầu tư sẽ đưa các phương án thiết kế, quy hoạch ra lấy ý kiến các nhà khoa học và người dân để bảo đảm khách quan, tạo sự đồng thuận của xã hội.

Ông Noboru Nagakawa - Giám đốc Dự án, Văn phòng tư vấn chung, tuyến đường sắt đô thị số 2, đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo khẳng định: “Đây là tuyến đường sắt đô thị có ý nghĩa đặc biệt quan trọng với Hà Nội, bởi nó đi qua khu vực trung tâm thành phố, nơi có các khu phố cổ cần bảo tồn, nhiều di tích, điểm tham quan và thương mại sầm uất. Không có đoạn tuyến này, việc hạn chế xe cá nhân vào khu vực phố cổ sẽ khó thực hiện. Ùn tắc và ô nhiễm môi trường sẽ đe dọa nghiêm trọng một trong những nơi giàu tiềm năng du lịch, thương mại nhất của Thủ đô. Quá trình nghiên cứu, lựa chọn vị trí ga ngầm C9 đã được thực hiện thận trọng và kỹ lưỡng, rất nhiều phương án được đưa ra xem xét. Có phương án đề xuất đặt ga phía trước Vườn hoa Lý Thái Tổ; hoặc gần Nhà hát Múa rối nước Thăng Long… Tuy nhiên, các phương án đó đều có những hạn chế rất lớn như phải giải phóng mặt bằng khu phố cổ thuộc diện bảo tồn, hay khoảng cách giữa Ga C9 với 2 ga C8 và C10 không bảo đảm… Do đó, phương án đặt Ga C9 tại vị trí trên đường Đinh Tiên Hoàng phía trước Tổng công ty Điện lực Hà Nội là phù hợp nhất, bởi vừa bảo đảm tốt khoảng cách, vừa giảm chi phí giải phóng mặt bằng và bảo tồn được khu vực phố cổ”...