Sau hai lần điều chỉnh, mức đầu tư của đường cao tốc dài 50 km này tăng từ 3.734 tỷ đồng lên 8.974 tỷ đồng, theo kết luận của Kiểm toán Nhà nước.

Kết quả kiểm toán dự án xây dựng cao tốc Cầu Giẽ-Ninh Bình giai đoạn 1, Kiểm toán Nhà nước chỉ ra rằng đề cương khảo sát dự án cao tốc Cầu Giẽ-Ninh Bình không có nội dung khảo sát thủy văn mà sử dụng số liệu điều tra, tính toán của một số dự án tương tự là không tuân thủ quy trình khảo sát đường ôtô. Công tác khảo sát địa chất của dự án cũng không thực hiện khoan bổ sung khi gặp nền đất yếu hay tận dụng tài liệu khảo sát địa chất của tuyến đường khác.

Công tác thiết kế cơ sở chưa đề xuất được phương án hướng tuyến tối ưu đã dẫn tới dự án phải thay đổi hướng 2 lần, những hạn chế trên khiến thời gian lập dự án khả thi kéo dài từ năm 1999 đến năm 2005 mới được phê duyệt.

Công tác quản lý chất lượng dự án Cầu Giẽ-Ninh Bình còn được cơ quan kiểm tra cho là chưa tuân thủ đầy đủ quy định về tiêu chuẩn kỹ thuật, không ít mẫu bêtông nhựa loại hạt trung và hạt mịn đều không đảm bảo yêu cầu kỹ thuật, dẫn đến độ cao mặt đường ở một số gói thầu thấp hơn yêu cầu tới gần 17 cm.

Với những sai sót trên, Kiểm toán Nhà nước nhận định, trách nhiệm thuộc về Tổng Cty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC), Ban quản lý dự án Cầu Giẽ-Ninh Bình và nhà thầu tư vấn giám sát QCI (Cuba).

Do vậy, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị, VEC phải giảm trừ chi phí đầu tư thực hiện tới tháng 6/2013 là hơn 346 tỷ đồng do đơn vị này áp dụng định mức không đúng quy định làm tăng chi phí. Kiểm toán Nhà nước cũng kiến nghị Bộ GTVT kiểm điểm xử lý trách nhiệm với tập thể, cá nhân liên quan trong quá trình thẩm định, phê duyệt dự án; chỉ đạo kiểm tra lại quy trình nghiệm thu các lớp bê tông nhựa theo thiết kế đã được phê duyệt.

Cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình thông xe toàn tuyến ngày 30/6/2012, tuyến có tổng chiều dài 50 km, 6 làn xe; tiêu chuẩn đường cao tốc loại A, tốc độ thiết kế 100 - 120km một giờ. Tổng vốn đầu tư của dự án là 8.974 tỷ đồng theo hình thức BOT. Mức phí được Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam - VEC (chủ đầu tư) thu trên đầu phương tiện là 70.000 đồng mỗi lượt, riêng xe tải - container từ 100.000 đồng đến 280.000 đồng.