Một nội dung quan trọng của dự thảo Nghị định Quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế thu nhập DN đó là quy định về thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản. Theo các chuyên gia, nội dung quy định được tổng hợp từ các hướng dẫn hiện hành và theo nguyên tắc không tách riêng đất với công trình trên đất.
Theo dự thảo, thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản là thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất thuê không phân biệt có hay chưa có kết cấu hạ tầng, công trình kiến trúc đã xây dựng gắn liền với đất, kể cả trường hợp chuyển nhượng vốn dẫn đến chuyển nhượng quyền sở hữu, quyền sử dụng bất động sản.
Trường hợp chuyển nhượng toàn bộ nhà máy hay phân xưởng kèm theo chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất thì không bao gồm các giá trị về quyền lợi và nghĩa vụ có liên quan đến nhà máy hay phân xưởng.
Thu nhập chịu thuế từ chuyển nhượng bất động sản được xác định bằng doanh thu thu được từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản trừ giá vốn của bất động sản và các khoản chi phí được trừ liên quan đến hoạt động chuyển nhượng bất động sản.
Doanh thu để tính thu nhập chịu thuế được xác định theo giá thực tế chuyển nhượng như sau: Theo giá ghi trên hoá đơn hoặc theo số tiền thực tế bên chuyển nhượng bất động sản nhận được.
Trường hợp giá chuyển nhượng ghi trên hoá đơn thấp hơn giá thị trường thì cơ quan thuế ấn định doanh thu tính thuế theo quy trình của pháp luật về quản lý thuế. Theo giá trúng đấu giá trong trường hợp đấu giá. Thời điểm xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế là thời điểm bàn giao bất động sản.
Chi phí chuyển nhượng bất động sản được trừ bao gồm: Chi phí để có quyền sử dụng đất, quyền thuê đất. Chi phí cải tạo đất, san lấp mặt bằng. Chi phí đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng, công trình kiến trúc có trên đất.
Giá trị còn lại chưa khấu hao hết của kết cấu hạ tầng, công trình kiến trúc đang sử dụng trên đất. Các khoản chi phí chung được trừ khác được phân bổ theo tỷ trọng doanh thu từ chuyển nhượng bất động sản trên tổng doanh thu của các hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ.
Trường hợp DN bị phá sản thì thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản không chịu thuế thu nhập DN. DN chuyển nhượng bất động sản phải làm thủ tục chuyển nhượng bất động sản theo quy định của pháp luật về đăng ký bất động sản.